В последние дни Второй мировой войны пилот-камикадзе Коити Сикисима совершил посадку на острове Одо, где находилась ремонтная база императорской армии Японии. В тот же вечер на него и его товарищей напал гигантский ящер по имени Годзилла, о котором местные жители говорили с ужасом.
После этого события Коити возвращается в разрушённый Токио, где его родители погибли, а родной дом стал лишь грудами обломков. Он пытается начать новую жизнь, когда к нему присоединяется девушка, также потерявшая семью, с младенцем на руках, которого она смогла спасти во время авианалёта. Время проходит, и жизнь начинает налаживаться: Коити находит работу в команде, занимающейся обезвреживанием мин в Токийском заливе.
Однако однажды их хрупкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини стал ещё более огромным и опасным. Теперь Коити и его новые друзья вынуждены противостоять этому ужасному созданию, которое угрожает не только их жизни, но и всему городу. Столкновение с Годзиллой становится не только испытанием физической силы, но и проверкой на прочность духа, когда они стремятся защитить то, что у них осталось.